А смотря какие модели сравнивать.
Если самые "дешевые", то:
1. Количеством PCI Express 2.0.
У GigaByte GA-X58-USB3 rev1.0 их три. С возможностью построения мостов SLI/Crossfire 16+16+4, причем слот 4х работает с ограниченной до уровня PCI-E 1x скоростью), а у GigaByte GA-X58A-UD3R rev2.0 - четыре. И позволяет сторить связки SLI/Crossfire 16+16+0+0 или 8+8+8+8.
2. Аудиокодеками, у первой установлен Realtek ALC892, а у второй его старый аналог ALC889.
3. Поддержкой стандарта SATA III. У первой платы порты SATA III отсутствуют.
4. Наличием кнопки сброса настроек BIOS мат.платы в удобном для использования месте, а именно на панели разъемов. У первой платы есть только перемычка возле батарейки.
5. Еще новой "уникальной" технологией от Gigabyte - On/Off Charge(появилась только у второй ревизии плат на чипсете х58). Она нужна для быстрой зарядки iPad`ов и iPhon`ов, работает даже при выключенном компе.
Вроде все отличия, силовые элементы питания у них одинаковые, твердотельные конденсаторы тоже.
Может еще годом выпуска они отличаются. Не знаю, не проверял когда и какая плата была представлена общественности.
